干细胞用什么做内参（干细胞用什么做内参比较好）
- 作者: 胡屿珩
- 来源: 投稿
- 2024-12-30
1、干细胞用什么做内参
一般情况下，干细胞实验中会使用以下两种方法作为内参：
内源性内参（ Housekeeping gene）
GAPDH（甘油醛3磷酸脱氢酶）：编码糖酵解途径中的关键酶，在多种细胞类型和生理条件下表达稳定。
βactin（肌动蛋白β）：编码细胞骨架的主要成分，在大多数细胞类型中表达稳定。
18S rRNA：编码核糖体中的小亚基 rRNA，在大多数细胞类型中表达相对稳定。
外源性内参（ Spikein control）
外源性 mRNA 或 cDNA：将已知浓度的外源性 mRNA 或 cDNA 添加到样品中，作为定量参考。
合成寡核苷酸：设计并合成已知序列的寡核苷酸，作为定量参考。
选择内参时应考虑以下因素：
表达稳定性：内参在不同处理条件和细胞类型中的表达水平应保持相对稳定。
与靶基因的相似性：内参和靶基因应具有相似的扩增效率和逆转录效率，以确保准确的定量。
与实验无关：内参的表达不应该受到实验条件或处理的影响。
2、干细胞用什么做内参比较好
常用的干细胞内参基因
选择内参基因时，应满足以下标准：
表达稳定：在不同细胞类型、处理条件和发育阶段的细胞中表现出一致的表达水平。
物种特异性：只能在感兴趣的物种中检测到，以避免与其他物种的基因序列产生交叉反应。
无组织特异性：在所有或大多数组织类型中具有表达。
常见干细胞内参基因包括：
基因家族：
GAPDH（甘油醛3磷酸脱氢酶）：广泛分布于所有组织中，表达相对稳定。
ACTB（β肌动蛋白）：参与细胞骨架结构，表达水平较高且相对稳定。
HPRT1（次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶 1）：参与嘌呤代谢，表达稳定且不受处理条件的影响。
其他基因：
B2M（β2 微球蛋白）：参与抗原呈递，表达稳定且受转录因子调控较少。
RPLP0（核糖体蛋白大支架蛋白 0）：核糖体的组成部分，表达稳定且不受外界刺激的影响。
YWHAZ（1433 蛋白ζ）：参与细胞信号转导，表达稳定且在多种组织类型中普遍存在。
选择内参基因的注意事项：
验证表达稳定性：使用多组样本来确认内参基因在不同条件下的表达稳定性。
考虑细胞类型：某些内参基因在特定的细胞类型中可能不适合。
使用多种内参基因：推荐同时使用多个内参基因，以提高数据可靠性。
参考基因数据库：可以参考 Genevestigator、RefFinder 等数据库以获取不同物种和细胞类型中推荐的内参基因。
3、干细胞用什么做内参最好
最佳内参基因选择原则
稳定表达：基因在不同细胞类型、发育阶段和实验条件下均能稳定表达。
低表达丰度：表达水平较低，以避免与目标基因信号混淆。
无明显生物学功能：不参与细胞的重要生物学过程，以最小化内参表达变化对实验结果的影响。
推荐的干细胞内参基因
1. 家庭管家基因（HKGs）
ACTB (βactin)
GAPDH (甘油醛3磷酸脱氢酶)
UBC (泛素共轭酶)
B2M (β2微球蛋白)
2. 核酸转录因子基因
TBP (TATA结合蛋白)
POLR2A (RNA聚合酶 II 亚单位 A)
HPRT1 (次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶 1)
3. 核小体组蛋白基因
H2AFZ (H2A 组蛋白家族 Z 成员)
H3F3B (H3 组蛋白家族 3B 成员)
4. 转运蛋白基因
VDAC1 (电压依赖性阴离子通道 1)
ATP5B (ATP 合酶亚基 β)
选择考虑因素
物种特异性：确保内参基因在研究的物种中是保守的。
实验类型：例如，对于实时定量 PCR，选择低表达且扩增效率高的内参基因。
样本类型：不同类型的干细胞（例如胚胎干细胞、诱导多能干细胞和间充质干细胞）可能有不同的最佳内参基因。
建议使用多个内参基因，以提高结果的可靠性。
在实验前进行预实验，以验证所选内参基因的稳定性。
考虑使用专门的软件或在线工具来帮助选择合适的内参基因。
4、干细胞用什么做内参好
内参基因是用于归一化样品中不同基因表达水平的参考基因。在干细胞研究中，常用的内参基因包括：
管家基因：
GAPDH (甘油醛3磷酸脱氢酶)：一种参与糖酵解的酶。
ACTB (肌动蛋白β)：一种细胞骨架蛋白。
HPRT1 (次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶 1)：一种参与嘌呤代谢的酶。
β2M (β2 微球蛋白)：一种参与抗原呈递的蛋白。
稳定性高且特异性强的基因：
RPL0 (核糖体蛋白 L0)：核糖体的一个亚基。
PGK1 (磷酸甘酸激酶 1)：糖酵解中的一种酶。
TBP (TATA 结合蛋白)：转录因子。
YWHAZ (1433 蛋白 θ)：一种参与细胞信号传导的蛋白。
最佳内参基因的选择取决于以下因素：
样品类型：不同干细胞类型可能有不同的内参基因表达模式。
培养条件：培养条件可能会影响内参基因的表达。
研究目的：内参基因应稳定且与研究的特定基因或途径无关。
通常，建议使用多个内参基因并计算它们的几何平均值或使用更复杂的算法进行归一化。
